मौसम विज्ञान के महानिदेशक, भारत मौसम विज्ञान विभाग के प्रमुख है, जिसका मुख्यालय नई दिल्ली में है। अतिरिक्त महानिदेशक के 4 पद नई दिल्ली में और1 पुणे में हैं। 20 उप महानिदेशक हैं जिनमें से 10 नई दिल्ली में हैं।
प्रशासनिक और तकनीकी नियंत्रण की सुविधा के लिए6 प्रादेशिक मौसम केंद्र हैं जो एक एक उप महानिदेशक के अधीन है और इनका मुख्यालयमुंबई, चेन्नई, नई दिल्ली, कलकत्ता, नागपुर और गुवाहाटी में है। उप महानिदेशक के प्रशासनिक नियंत्रण में, विभिन्न प्रकार की परिचालन इकाइयाँ हैं जैसेकि राज्य की राजधानियों में मौसम केंद्र, पूर्वानुमान कार्यालय, कृषि मौसम परामर्शी सेवा केंद्र, बाढ़ मौसम विज्ञान कार्यालय, क्षेत्र चक्रवात चेतावनी केंद्र और चक्रवात चेतावनी केंद्र।
इसके अलावा, विशेष विषयों से संबंधित अलग-अलग विभाग हैं। वो हैं: -
वर्तमान में भारत मौसम विज्ञान विभाग पृथ्वी विज्ञान मंत्रालय (MoES) के अधीन है।